Grundwasser ist durch die überlagernden Boden- und Gesteinsschichten in der Regel gut vor Verschmutzungen geschützt. Es weist deshalb zumeist eine bessere Wasserqualität als Oberflächengewässer auf. Dennoch ist die Grundwasserqualität lokal gefährdet. Dies liegt vor allem an Einträgen des Menschen – dabei handelt es sich zum Beispiel um Düngemittel aus der Landwirtschaft. Auch der Bergbau stellt, beispielsweise durch die Auswaschung von Schwermetallen, eine Gefährdung für die Qualität des Grundwassers dar. All das kann eine aufwendige und kostspielige Wasseraufbereitung erfordern, um das Wasser wieder nutzbar zu machen. Darüber hinaus können auch natürliche Faktoren die Grundwasserqualität beeinträchtigen, etwa Salzgestein oder arsenhaltige Gesteine.